Sejarah Sekolah

Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Yan mula dibuka pada 1 Januari 1997. Sekolah ini merupakan sekolah menengah kebangsaan agama ketiga di negeri Kedah selepas Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Baling. Sekolah ini dibina di atas sebidang tanah seluas 58 hektar dengan kadar perbelanjaan sebanyak RM17 juta. Kemudahan fizikalnya lengap dengan 4 bangunan sekolah 3 tingkat, 4 bangunan asrama 3 tingkat, sebuah dewan, sebuah surau, bengkel KHB, 12 unit kuarter guru, 3 unit kuarter pentadbir, dan 6 unit rumah teres kakitangan sokongan.

Seramai 486 orang pelajar mula mendaftar pada 5 Januari 1997 yang terdiri daripada pelajar tingkatan 1,2,3 dan 4. Pelajar tingkatan 1 dipilih di kalangan murid sekolah rendah di seluruh negeri Kedah yang mendapat 4A dalam UPSR. Sementara pelajar tingkatan 2 dan 3 pula merupakan pelajar terpilih dari sekolah-sekolah aliran agama di sekolah biasa Manakala pelajar tingkatan 4 pula dipilih di kalangan mereka yang mendapat keputusan cemerlang dalam peperiksaan PMR di sekolah menengah harian aliran agama dan sekolah menengah agama rakyat.

Selepas beroperasi pada 1 Januari 1998, pentadbiran sekolah diterajui oleh Penolong Kanan sehinggalah pada bulan Mac 1997 apabila pengetua pertama , iaitu Puan Hindong binti Ali memulakan tugasnya di situ. Pengurusan sekolah yang dikategorikan sebagai sekolah gred A ini dibantu oleh seorang Penolong Kanan, seorang Penolong Kanan HEM dan 4 orang Ketua Bidang. Sementara jumlah guru ialah seramai 30 orang dan staf sokongan pula seramai 10 orang.